Jedna od važnijih fukcija zavoda je organizacija i obrada podataka za obračun sredstava u zdravstvu Federacije Bosne i Hercegovine. Obračun se radi jedanput godišnje, obuhvata javne i privatne zdravstvene ustanove, zavode za zdravstveno osiguranje i druge javno-zdravstvene institucije i ustanove i predstavlja finansijsku statistiku sredstava u zdravstvu Federacije Bosne i Hercegovine.
Godišnji obračuni sredstava u zdravstvu Federacije BiH:
Obračun sredstava u zdravstvu FBIH za 2015 godinu
Obračun sredstava u zdravstvu FBIH za 2014 godinu
Obračun sredstava u zdravstvu FBIH za 2013 godinu
Obračun sredstava u zdravstvu FBIH za 2012 godinu
Obračun sredstava u zdravstvu FBIH za 2011 godinu
Obračun sredstava u zdravstvu FBIH za 2010 godinu